指導教官のチャールズ・バカンティ教授から「受精卵のようになんにでもなれる万能細胞を作る」というアイデアを受け継いだ。 若山氏の目には、小保方氏はハーバードで経験を積んだ有望な研究者と映った。 小保方氏はマウスの体から取り出した細胞に酸や酵素などでさまざまな刺激を与え小保方氏は、こうした緑に光る細胞を見つけては若山氏に渡して万能細胞かどうか調べてほしいと依頼した。 小保方氏の実験ノートからはキメラマウスが生まれず実験が難航していた様子がうかがえる。
小保方氏はこの細胞を若山氏に渡し万能性を調べてもらっていた。 その結果、若山氏が小保方氏から渡されたという細胞にはアクロシンＧＦＰという特殊な遺伝子が組み込まれていることが分かった。 小保方氏から受け取った細胞にこのＥＳ細胞が混入していたのではないか。 一方、小保方氏もＥＳ細胞が混入した可能性を否定している。 なぜ、このＥＳ細胞が小保方氏の研究室が使う冷凍庫から見つかったのか。 小保方氏を手厚くサポートし世界一流の科学雑誌への論文掲載を実現したのは最初に論文を投稿したのは２０１２年４月。
論文がネイチャーに掲載された際記者会見の広報戦略を担ったのも笹井氏だった。 私たちは日本分子生物学会のメンバーの協力を得て幹細胞、免疫などの分野で活躍する第一線の専門家らとともに論文を徹底検証することにした。 この論文はマウスから細胞を取り出し弱酸性の液体に浸すと万能細胞に変わりキメラマウスまで生まれたことを主張している。 キメラマウスの細胞からもＴＣＲ再構成が見つかれば最初の細胞が万能性を獲得したことの確実な証拠となる。