時に西暦２１９９年地球は謎の星間国家ガミラスの攻撃を受け滅亡の淵に立たされていた遊星爆弾による攻撃で地球環境は激変イスカンダルには地球環境を再生させるコスモリバースシステムがある１年前地球はイスカンダルからの技術供与を受け行く手に待ち受けるさまざまな困難をかいくぐりヤマトは銀河系を離れ一路イスカンダルのある大マゼランを目指していた航海日程に遅れを来すなかヤマトは大マゼラン銀河へ一気に跳躍できる亜空間ゲートの存在を知ることになる♪～こいつの向こうにバラン星がねぇ。
バラン星はその中心部にゲートシステムのためのエネルギープラントを持つ人工の星だ。 誇り高きガミラスの戦士にして勇敢なる同志諸君。 ズキュンズキュンズキュン！違う…断じて違う！心ある兵士諸君我が輩があえて逆臣の汚名を着てまで訴えんとしたことは誠憂国の志から来たものであり…。 ヤマトです！ヤマトが上昇してきます！あっ！全艦戦闘配置！うっ…うわっ波動砲発射準備。
バランはゲシュタムの門で構成される超航法ネットワークの中枢だ。 あの向こうにイスカンダルがあるの。 えっ？「ギュッ」て何？ヤマトにイスカンダルの方が？信じられませんな。 Ｂ特殊戦群所属第４４２特務小隊であります。 承知しているな？ガミラスのため全力を尽くします。 ♪神の加護は♪我らと共にあり続けん波動砲定期点検終了。 ガミラスが何度来たって波動砲があればヤマトは無敵さ。 シューン１６万８０００光年を旅する我々にはガミラスから身を守る武器が必要だった。
ドメラーズへの兵装設置を完了しだい第７整備中隊はバルグレイに対し艦上機の搭載作業準備に入れ。 しかしあんなものまで一体なんに使うつもりだ？こいつは小惑星鉱山用の特殊削岩弾だろ？爆装してどうするつもりなんだ？さあな。 星雲を形成するこの７つの恒星便宜上七色星団と呼びますがそこを突破するのが最短コースとなります。 本艦は七色星団を抜けイスカンダルを目指す。 星団通過中は第一種戦闘態勢を維持。